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《中國時報》報導市民熱線1999可能也要收費，台北市長柯文哲表示，只是想將1999中不同的陳情併入共同資料庫，這也是研考會的重大工程；研考會主委陳銘薰則澄清，目前還在規劃階段，可能考慮將原本十分鐘免費縮短成五分鐘，媒體報導與事實有些出入。

柯文哲回應，1999要併入一個叫input的計畫，將台北市民對政府的抱怨、建議、陳情，有不同的輸入方法，最後再回到共同資料庫；至於實際的執行方式，則是研考會的重大工程。

陳銘薰解釋，對於收費部分，媒體報導與事實也有些出入。他強調，從來沒有規劃過收費選項，針對目前運作問題，提出可能考慮縮短原定十分鐘免費的優惠改為五分鐘，但詳細情況仍在規劃階段。

而未來1999也需要改善，目前民眾可使用話務、網路、實際遞件等方式，希望未來能考慮所有市民習慣的方式，將所有意見整合到單一系統，在後端處理上，讓承辦人員有更好的方式做資料分析整理，並了解市民反映的問題。

陳銘薰坦言，目前1999有不少通電話是重複陳情，如一位婦人一年打了一萬四千通電話，北市府派工次數達一萬兩千次，主要是反映違規停車、攤販問題。